Marmara Denizi kıyısında, Yeşilköy ile Küçükçekmece arasında bir yerleşim bölgesi olan Florya'nın 19. yüzyılda sönük bir avcı uğrağı konumunda olduğu bilinmektedir. Atatürk'ün buraya olan ilgisiyle önem kazanan Florya giderek yazlık bir dinlenme merkezine dönüşmüştür.

Atatürk için İstanbul Belediyesi tarafından 1935 yılında mimar Seyfi Arkan'a sipariş edilen köşk, yazlık bir konut olarak deniz tabanına çakılan sütunlar üzerine yapılmış ve karaya bir köprü ile bağlanmıştır. 1935 yılı 14 Ağustos tarihinde kullanıma açılan köşkte ulu Önder, 1936 yılının Haziran ve Temmuz aylarında uzunca bir süre yaşamış, siyasal ve bilimsel toplantılar için köşkü özellikle kullanmış, aralarında İngiliz Kralı VIII. Edward ve Madam Simpson'un da bulunduğu kimi önemli konukları burada ağırlamıştır.

Köşk, Atatürk tarafından son olarak 28 Mayıs 1938 günü kullanılmış, kendisinin ölümünden sonra bu yapılar Türkiye Cumhuriyeti Cumhurbaşkanlığı'nın yazlık konutu olarak İsmet İnönü, Celal Bayar, Cemal Gürsel, Cevdet Sunay, Fahri Korutürk ve Kenan Evren dönemlerinde kullanılmıştır.

16 Eylül 1988 tarihinde Cumhurbaşkanlığı'nca TBMM'ne bağlı Milli Saraylar Daire Başkanlığı'na devredilen bu yapılar topluluğu, restorasyonu tamamlandıktan sonra dönemi içinde modern bir anlayışla inşa edilmiş köşkün tarzına uyacak dönem eşyası ile tefriş edilerek Atatürk Müzesi haline getirilmiş ve içinde “Atatürk İstanbul'da” konulu sürekli bir fotoğraf sergisi oluşturulmuştur. Atatürk köşkünün arkasında karada yapılmış olan Yaverlik ve Genel Sekreterlik binalarının bir kısmı günümüze ulaşmamış, kalanlar ise onarılarak TBMM sosyal tesisleri haline getirilmiştr. Bu binaların arasında kalan boşluğa kafeterya ve restoran hizmeti veren bir yapı eklenmiştir.